在定点医疗机构住院：

入院（必须带医疗证）→到报帐窗口登记→出院→在各定点医疗机构报帐中心直接补偿（72小时内应及时出示医疗证，未带新农合医疗证造成系统无法录入的医疗费用由患者直接负责）

转非定点医疗机构住院：

转院申请（到新农合中心办理）→入院→出院→区新农合中心审核（保障年度3个月前）→回所在地定点医疗机构报账中心补偿

在外（居外）人员住院：

入院（公办非营利性机构）→3日内电话或传真报告区新农合中心→出院→区新农合中心审核（保障年度3个月前）→回所在地定点医疗机构补偿

门诊统筹补偿流程：

填报《门诊特殊病种审批表》→由三级医院副主任以上医师确诊、医务科复核→送新农合中心备案→到指定定点医疗机构诊疗→回所在地定点医疗机构报账中心补偿

住院补偿工作时效：

定点医疗机构： 即时补偿

非定点医疗机构：7个工作日内（节假日除外）